La renovación urbana se seguirá potenciando con el siglo XVII y reforzado en el siglo XVIII, con la Capilla de la Virgen de la Piedad, el monasterio de Jesús, María y José, las ermita de Ntra. Sra. de los Remedios, y las reformas que se llevan a cabo en San Francisco y Las Clarisas. Estas construcciones religiosas conformarán la característica sacralización del espacio urbano, la denominada ciudad conventual, junto con las actividades públicas, con un amplio programa de festividades religiosas (Semana Santa, Corpus Christi, etc.). Donde las plazas de San Francisco y, sobre todo, de la Constitución (antigua Plaza Nueva), adquieren una revalorización como espacio capaz de concentrar grandes multitudes para celebraciones de carácter cívico, religioso o, simplemente, para actividades lúdicas, convirtiéndose en centros vitales y privilegiados de la ciudad hasta fechas recientes.
Durante toda la Edad Moderna Vélez se constituyó en centro neurálgico y económico de su zona y de otras limítrofes. En su arrabal de Torre del Mar se concentraban la mayor parte de las cosechas de vid y cítricos de la comarca donde eran vendidos y embarcados con destino al norte de Europa, mientras su entorno se dedicaba al cultivo del cereal y del regadío (hortalizas, caña de azúcar y cítricos) con un marcado carácter de abastecimiento. A pesar de ello, solía ser deficitaria en cereal y se veía obligada a comprarlo en el exterior y a depender de la función social y reguladora del mercado que ejercía el pósito, siempre ubicado en la plaza mayor junto a la Iglesia de San Juan, donde se construyó un nuevo edificio entre 1747 y 1765.
Las crisis demográficas, epidémicas y bélicas, que asolaron el reino durante el siglo XVII hicieron su mella en la ciudad de Vélez reduciendo considerablemente su población y creando un ambiente general de miedo ante las constantes incursiones piráticas de turcos y moros en todo el litoral. La defensa de la costa estaba basada en el sistema de torres vigías una de las cuales se situaba en Torre del Mar y se comunicaba con la torre de la Vela de la fortaleza veleña, que daba aviso y requería a rebato la ayuda de las tropas de naturales radicadas en la ciudad y capitaneadas por su regidores. La condición costera de Vélez Málaga favoreció que ésta se convierta temporalmente en sede de la Capitanía General de la Costa, cuya residencia estuvo en el Palacio del Marqués de Beniel.Su Cabildo municipal sufrió el habitual proceso de oligarquización y patrimonialización mediante el cual los regimientos se convirtieron en propiedad privada de unas cuantas familias que monopolizarían el gobierno local durante toda la Edad Moderna, entre otras los Carrión, Piédrola, Igualada, Gámez, Coronado, Mena, Lasso de la Vega, Valderrama, etc. Además su número se incrementó considerablemente desde los cinco miembros iniciales hasta los treinta y cuatro localizados a principios del XVIII, merced a concesiones reales que enmascaraban ventas de oficios públicos a favor de la siempre escasa Hacienda Real. El corregidor siguió compartiéndose con Málaga, aunque ya en una situación de sometimiento, pues el oficial real residía en la capital y nombraba un lugarteniente para Vélez, finalmente en 1640 se logró el privilegio de segregación y la ciudad contó con un corregimiento propio.